O nome buraco do padre está intimamente ligado à história dos jesuítas que ali estiveram. A finalidade dos jesuítas era a de converter as almas para o cristianismo, principalmente às das terras novas das Américas. Os jesuítas dos Campos Gerais eram oriundos das Santas Missões de Guairá, onde trabalhavam com os índios da tradição Umbu. A origem do nome Buraco do Padre pode estar ligada ao costume dos padres jesuítas se dirigirem ao alto do platô, para concentração e meditação, ou simplesmente para o descanso. Não raro eram vistos por indígenas ou caboclos, que passaram a chamar o local de Buraco do Padre.
O local foi muito utilizado para matança de índios pelos bandeirantes nos séculos XVI e XVII. Os mesmos eram jogados do alto para dentro da garganta indo ao encontro da morte. Algumas curiosidades e crenças cercam o local. Conta a história que alguns pesquisadores europeus visitaram o Buraco do Padre no século XIX, e que em noites de céu limpo caíam bolas de fogo, e em algum lugar próximo havia ouro enterrado.
Estas últimas crenças dão-se ao fato de os jesuítas terem fugido às pressas devido à influência que o Marquês de Pombal exercia sobre o Rei aconselhando-o a expulsar os jesuítas do Brasil, alegando que, devido ao seu alto grau de conhecimento, poderiam amotinar os índios contra a coroa, criando uma rebelião na Colônia.